按照環保部等國家七部委《關于2013年開展整治違法排污企業保障群眾健康環保專項行動的通知》（環發〔2013〕55號）要求，重慶市以解決損害群眾健康和影響可持續發展的突出環境問題為重點，落實“四查”推進環保專項行動，規范企業環境管理，提升行業生產及污染防治技術水平。
一查大氣污染環境違法問題。加強火力發電企業（包括企業自備電廠）燃煤機組脫硫、脫硝設施建設和運行維護監管。重點檢查脫硫、脫硝、除塵治理設施運行情況，特別是2012年以來批準并投產的發電企業執行《火電廠大氣污染物排放標準》情況，包括電廠達標排放情況和為執行新標準所做的準備情況。加快推進脫硝工程建設和運行維護，促進氮氧化物穩定達標排放。加強對燃煤機組脫硫脫硝在線監測系統的監管，按相關技術和管理規范，督促發電企業不斷提高在線監測的準確性、真實性和公開性；對超標排放二氧化硫的，一律扣減脫硫電價；對偷排、擅自停運閑置治污設施和超標排放、連續監測設備數據弄虛作假等環境違法行為，要依法處罰、追繳排污費；逐步建立完善火力發電企業環境行為信用評價制度。加大對鋼鐵、水泥企業以及燃煤鍋爐廢氣污染防治設施運行的監管，嚴查二氧化硫、氮氧化物、煙（粉）塵超標排放的違法行為。
二查超標排污和廢水污染土壤、地下水的環境違法行為。督促企業落實環境保護主體責任，不斷提升環境保護主體責任意識和自律意識，提高環境管理水平，加大污染防治投入，實施生產設備及污染防治設施升級改造，確保污染物排放穩定達標。加大對企業廢水排放的排查力度，徹底摸清廢水排放去向，嚴查利用滲井（旱井）、滲坑（坑塘）、裂隙和溶洞排放、傾倒含有毒有害物質廢水的違法行為。對違法企業要依法責令其停止違法行為，限期采取治理措施消除污染，并予以處罰；逾期未完成治理任務的，要責令其停止生產；造成重大或特大水污染事故的，報請所在地人民政府責令關閉。
三查涉鉛、汞、鎘、鉻和類金屬砷排放的重有色金屬礦采選冶煉以及鉛蓄電池、再生鉛、皮革鞣制、電鍍等重點行業。重點檢查已建和在建企業環保、安全“三同時”制度執行情況；生產企業污染防治設施運行情況、特征污染物達標排放情況、危險廢物貯存轉移處置情況、環境風險防范落實情況、安全生產標準化建設情況；企業自行開展污染物監測情況；工業園區企業污染物預處理設施運行情況。檢查“九個一律”整治要求落實情況，重點檢查不符合國家產業政策、應淘汰的落后生產工藝和設備，是否取締（已下達取締決定的，是否拆除生產設備、吊（注）銷營業執照、妥善處置危險廢物）；未經環境影響評價或達不到環境影響評價要求、不能依法達到防護距離要求、無污染治理設施、污染治理設施不正常運行或超標排放的，是否停產整治（已完成整改任務的，是否嚴格執行驗收規程和標準）；環境保護、安全設施、職業衛生“三同時”執行不到位的，是否停止生產；對專項檢查、抽查和督查中發現的環境問題，是否整改到位；排查整治工作不到位、發生重大環境污染事件的，是否追究責任。
四查醫藥制造企業。重點排查建設項目執行環境影響評價和安全評價制度、環保和安全“三同時”制度情況；廢水、廢氣等污染物達標排放情況；危險廢物貯存、轉移、處置情況，特別是原料藥、制劑等企業產生的蒸餾及反應殘渣、母液及反應基或培養基、吸附劑、催化劑、溶劑、廢藥品及過期原料等危險廢物處理處置情況；園區集中污染治理設施運行情況；群眾反映園區污染問題的解決情況。嚴肅查處超標排放、偷排漏排或采用非法手段轉移偷排廢水違法行為。嚴格落實衛生、安全防護距離要求，組織未達到防護距離要求或安全風險高的企業向工業園區搬遷，解決異味擾民問題。嚴肅查處不按照規定填寫危險廢物轉移聯單、未經批準擅自轉移危險廢物、將危險廢物提供或委托給無危險廢物經營許可證的單位、在轉移過程中傾倒丟棄危險廢物等違法行為。對未依法轉移危險廢物的，督促產生企業承擔清除污染、賠償損失的責任；發現故意傾倒危險廢物造成環境污染的，及時移送公安機關，依法追究刑事責任；發現將抗生素菌渣用作飼料添加劑的，及時移送農業部門；對“三廢”治理不能達到國家標準的原料藥生產裝置，報請當地政府予以淘汰關閉。各地要做到排查不留死角，整治不留隱患，建立監督管理臺賬，督促企業嚴格執行廢水排放標準和單位產品基準排水量，組織開展清潔生產審核。建立健全企業內部危險廢物管理制度，嚴格管理危險廢物的貯存、轉移、處置環節。開展安全生產標準化創建工作，完善相關管理制度，落實安全生產責任。